Analogamente a molti altri aspetti di Internet, le finestre pop-up possono rivelarsi una lama a doppio taglio. Possono essere innocue o portatrici di guai. Le finestre pop-up non richieste possono contenere materiale non appropriato. Oppure, possono causare il download di un programma spyware senza che tu te ne accorga. Questi programmi sono in grado di monitorare o controllare l'utilizzo del tuo computer e sottoporlo a un bombardamento di pubblicità pop-up, alterazioni del browser, codici che non funzionano, prestazioni ridotte e altri problemi di funzionamento. Per ridurre i rischi, la Federal Trade Commission americana invita a controllare che il sistema operativo e il browser Web siano aggiornati con le “patch” che vengono rese disponibili per correggere i punti deboli nel sistema che potrebbero consentire allo spyware di invadere il computer.  Fai attenzione quando esegui i tuoi download e non fare clic sui collegamenti all'interno delle finestre pop-up. Se sospetti che il tuo computer contenga qualche programma spyware nocivo, gli esperti consigliano di procurarsi un buon programma antispyware presso un fornitore di fiducia.  Utilizzalo almeno una volta alla settimana e, se possibile, a ogni avvio del computer.  Il software rileverà lo spyware e ti consentirà di eliminarlo.